Skip to content

Develop issue86 #87

New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Merged
xiaoliz0 merged 3 commits into from
Nov 13, 2025
Merged

Develop issue86 #87

Show file tree
Hide file tree
Changes from all commits
Commits
Show all changes
3 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
7275697
Update PRONTO to generate new version of IPDXXXX_Remisse_draft file. …
xiaoliz0 Oct 22, 2025
4a07825
Update PRONTO.py
xiaoliz0 Oct 30, 2025
1cb314a
test: adapt expected unit test results
marrip Nov 10, 2025
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
63 changes: 32 additions & 31 deletions Script/PRONTO.py
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -519,8 +519,11 @@ def get_patient_info_from_MTF_new(ipd_material_file,ipd_no,DNA_sampleID,RNA_samp
sample_info_comment += "|" + sample_ID + ": " + comments
if(sheet_material.cell_value(r,c) == columns['extraction_hospital'] and extraction_hospital == ""):
for r in range(r,(library_pre_row-2)):
if(sheet_material.cell_value(r+2,8) == DNA_sampleID):
extraction_hospital = str(sheet_material.cell_value(r+2,c))
if(sheet_material.cell_value(r+2,9) == DNA_sampleID):
try:
extraction_hospital = str(sheet_material.cell_value(r+2,c)).split(",")[1]
except:
extraction_hospital = str(sheet_material.cell_value(r+2,c))
break
if(sheet_material.cell_value(r,c) == columns['batch_nr'] and batch_nr == ""):
for r in range(r,(nrows_material-2)):
Expand Down Expand Up @@ -987,11 +990,11 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
text1.bold = True
pg1.alignment = WD_ALIGN_PARAGRAPH.CENTER
pg2 = doc.add_paragraph()
text2 = pg2.add_run("Merket grønt = fylles inn av molekylærbiolog og/eller patolog manuelt\n")
text2 = pg2.add_run("Merket grønt = fylles inn av molekylærbiolog og/eller patolog manuelt\n\n")
text2.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("##########################################################\n\n")
pg2.add_run("PASIENT ID: " + ipd_no + "/" + impress_id + "\n\n")
pg2.add_run("DIAGNOSE:\n")
pg2.add_run("(lim inn tekst under # i LVMS i diagnose feltet)\n")
pg2.add_run("##########################################################\n\n")
if(DNA_normal_sampleID != ""):
if_normal_sampleID = ") og DNA ekstrahert fra blod:\n\n"
else:
Expand All @@ -1000,10 +1003,17 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
if_RNA_sampleID = " og RNA "
else:
if_RNA_sampleID = " "
pg2.add_run("Utvidet genpanelanalyse, TSO500, DNA" + if_RNA_sampleID + "(ekstrahert ved " + extraction_hospital + " fra " + ipd_material_id + ": ")
text3 = pg2.add_run("diagnose")
text3.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run(if_normal_sampleID)
try:
ipd_material_id_str = ipd_material_id.split(",")
DNA_material_id = ipd_material_id_str[0].split(":")[1]
RNA_material_id = ipd_material_id_str[1].split(":")[1]
if(DNA_material_id == RNA_material_id):
ipd_material_id_remisse = DNA_material_id
else:
ipd_material_id_remisse = ipd_material_id
except:
ipd_material_id_remisse = ipd_material_id
pg2.add_run("Utvidet genpanelanalyse, TSO500, DNA" + if_RNA_sampleID + "(ekstrahert fra " + extraction_hospital + ") " + ipd_material_id_remisse + ":\n\n")
if(str_TMB_DRUP == "NA"):
TMB_string = "Upålitelig, ikke beregnet\n"
else:
Expand All @@ -1014,31 +1024,22 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
stable_text = "Stabil"
if(stable_text == "Not reliable"):
stable_text = "Inkonklusiv"
pg2.add_run("Tumor mutasjonsbyrde (TMB) estimat og kategori: " + TMB_string + "Mikrosatellitt (MS) status: " + stable_text + "\nDNA-kopitallsendringer (estimert kopitall): ")
text4 = pg2.add_run("Ingen kopitall av sikker klinisk betydning\n")
pg2.add_run("Tumor mutasjons byrde (TMB) estimat og kategori: " + TMB_string + "Mikrosatellitt (MS) status: " + stable_text + "\nDNA kopitall endringer (estimert kopitall): ")
text3 = pg2.add_run("Ingen kopitall av sikker klinisk betydning.\n")
text3.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Gen-fusjoner: ")
text4 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n")
text4.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Genfusjoner: ")
text5 = pg2.add_run("Ingen funn\n")
pg2.add_run("Somatiske punkt mutasjoner/insersjoner/delesjoner: ")
text5 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n\n")
text5.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Somatiske punktmutasjoner/insersjoner/delesjoner: ")
text6 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning\n\n")
pg2.add_run("Se vurdering og vedlegg. \n\n")
pg2.add_run("(lim inn tekst under # i LVMS i vurderingsfeltet)\n")
pg2.add_run("##########################################################\n\n")
year = time.strftime("%Y", time.localtime())
text6 = pg2.add_run("Funnene er diskutert med overlege XXXX på Mol-MDT-møtet XX.XX." + year + ".\n\nPasienten er diskutert på pre-Mol-MDT-møte XX.XX." + year +".Ettersom det ikke er funn som tilsier utprøvende behandlingsmulighet har man ikke kalt inn behandlende lege til Mol-MDT-møte. Ta kontakt dersom noe er uklart.\n\nKimbane funn som skal følges opp? XXXXXXX. HGVS nomenklatur:\nGEN:ENSTxxx:c.xxx>y:p.AxxxB\n\nDet var dessverre ikke tilstrekkelig mengde og/eller kvalitet av DNA/RNA til at sekvenseringsanalysen kunne gjennomføres.\n\n")
text6.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Se vurdering og vedlegg. \n\n\nVURDERING:\n")
text7 = pg2.add_run("Funnene er diskutert med overlege XXXX på Mol-MDT-møtet XX.XX.2022.\n\nEttersom det ikke er funn med klinisk betydning har man ikke kalt inn behandlende lege til Mol-MDT-møte. Ta kontakt dersom noe er uklart.\n\nSom ledd i IMPRESS-Norway-studien ble det utført FoundationOne CDx liquid test, med funn av XXXXXXXXXX.\n\nKimbane funn som skal følges opp? XXXXXXX.\n\nDet var dessverre ikke tilstrekkelig mengde og/eller kvalitet av DNA/RNA til at sekvenseringsanalysen kunne gjennomføres.\n\nSom ledd i IMPRESS-Norway-studien ble det utført TSO500 ctDNA analyse på pasientens blod hvor det ble påvist GEN:p.AxxxB.\n\nFra denne analysen rapporteres kun varianter med klinisk/diagnostisk betydning som ikke er påvist i TSO500-analysen av vevsprøven. Kopitall, MSI og TMB fra ctDNA analyse vurderes ikke.\n\nHGVS nomenklatur: GEN:ENSTxxx:c.xxx>y:p.AxxxB")
text7.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Kun funn med klinisk/diagnostisk betydning er rapportert, men se den vedlagte Mol-MDT-rapporten for utfyllende informasjon om testresultatet.\n\nFor teknisk beskrivelse og metodeprinsipp av analyse, vennligst se «TSO 500 genpanelanalyse (utvidet molekylæranalyse)» på nettsiden Labfag.no.\n\n\nMOLEKYLÆRPATOLOGISK UNDERSØKELSE:\nBIOMATERIALET: " + ipd_material_id + "(" + sample_material + "; " + sample_type + ")\n\nTEST PANEL: TruSight Oncology 500 panel (Illumina)\n\n")
if(extraction_hospital == "Enhet for studierelatert diagnostikk, OUS"):
pg2.add_run("Materialet ekstrahert fra biomaterialet ved OUS sykehus ble kvalitetssikret før dypsekvensering med respektive protokoller og analyse pipelines.\n")
else:
pg2.add_run("Materialet mottatt ferdig isolert fra " + extraction_hospital + " sykehus ble kvalitetssikret før dypsekvensering med respektive protokoller og analysepipelines.\n")
for i in range(len(sample_list)):
pg2.add_run(str(sample_list[i]) + "\n")
pg2.add_run("\nANALYSE AV DNA\nMengde DNA analysert: 50ng\n\nUtført dypsekvensering for deteksjon av punktmutasjoner, indeler og kopitallsendringer ved bruk av TruSight Oncology 500 panel (Illumina) som inkluderer 523 gener for DNA-analyser. Analysen inkluderer estimering av tumor mutasjonsbyrde (TMB) og mikrosatelitt (MS) status.\n\nProgramvare og analyseparametere: TruSight Oncology 500 Local App og in-house bioinformatisk pipeline for kvalitetssikring og variantfiltrering (" + pipline + "). Referansegenom GRCh37 ble brukt for kartlegging av sekvenser. Analysen er kjørt i \"Tumor ")
if(DNA_normal_sampleID != ""):
pg2.add_run("normal\"-innstilling for å ekskludere kimbanevarianter. ")
else:
pg2.add_run("only\"-innstilling og populasjonsdatabaser er benyttet for å ekskludere frekvente kimbanevarianter. ")
pg2.add_run("Kvalitetssikring blir gjennomgått per enhet (chip) og per prøve sekvensert. For estimering av TMB benyttes antall ikke-synonyme mutasjoner detektert innenfor kodende DNA-områder delt på antall Mb sekvensert. Filter for varianter som inngår i TMB-beregningen er satt til minimum 5% variant allelfrekvens og minimum 50 sekvensfragmenter som dekker mutasjonssete. TMB-klassifiseringen er som følger: \"lav TMB\" for <5 mut/Mb, \"intermediær TMB\" for 5-20 mut/Mb, and \"høy TMB\" for >20 mut/Mb. TSO500-panelet analyserer 130 predefinerte MSI-seter for vurdering av MS-status. Et minimum av 40 slike seter må være analyserbare for å kunne pålitelig konkludere MS-status. Kopitallsendringer rapporteres som hovedregel kun ved kopitall >6.\n\nANALYSE AV RNA\nMengde RNA analysert: 40ng\n\nUtført dypsekvensering for deteksjon av fusjonsgener og spleisevarianter ved bruk av TruSight Oncology 500 panel (Illumina) som inkluderer 56 gener for RNA-analyser. Referansegenom GRCh37 ble brukt for kartlegging av sekvenser.\n\nProgramvare og analyseparametere: TruSight Oncology 500 Local App og in-house bioinformatisk pipeline for kvalitetssikring og variantfiltrering (" + pipline + "). Referansegenom GRCh37 ble brukt for kartlegging av sekvenser. En påvist fusjon må ha minst 3 unike sekvenser (reads) som støtter funnet.\n\nRESULTAT: Se diagnosefeltet og vedlagte Mol-MDT-rapport.\n\nResultater og tolkning er i henhold til, og innenfor rammene av kvalitet på prøvemateriale, det genomiske dekningsområdet til genpanelet, metodologi og anvendte kunnskapsdatabaser ved analysetidspunkt. Den operasjonelle pipelinen for TSO500-analyser ved InPreD OUS er i en utviklingsfase. Den kliniske signifikansen av TMB-verdien bør betraktes på bakgrunn av pasientens tumortype. En rapportering av funn med mulig terapeutisk implikasjon er ingen garanti eller lovnad om behandlingseffekt i pasienten. En klinisk helhetsvurdering av pasienten må foretas av behandlede lege ved mulig behandlingskonsekvens av analyseresultater. ")
pg2.add_run("Kun funn med klinisk/diagnostisk betydning er rapportert, men se den vedlagte Mol-MDT-rapporten for utfyllende informasjon om testresultatet.\n\nFor teknisk beskrivelse og metodeprinsipp av analyse, vennligst se «TSO 500 genpanelanalyse (utvidet molekylæranalyse)» på nettsiden Metodebok.no under Helse Sør-Øst og OUS.")

doc.save(remisse_file)

Expand Down
6 changes: 3 additions & 3 deletions pronto/pronto.py
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -6,11 +6,11 @@
def get_tmb_string(val):
level = "Not available"
if(0 <= val <= 5):
level = "lav"
level = "Lav"
elif(5 < val <= 20):
level = "intermediær"
level = "Intermediær"
elif(val > 20):
level = "høy"
level = "Høy"
return "{} mut/Mb; {}\n".format(val, level)

# use glob to find file in different folder structures
Expand Down
6 changes: 3 additions & 3 deletions pronto/tests/pronto_test.py
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -7,9 +7,9 @@
"input, exception, want",
[
(-1, does_not_raise(), "-1 mut/Mb; Not available\n"),
(2.5, does_not_raise(), "2.5 mut/Mb; lav\n"),
(7, does_not_raise(), "7 mut/Mb; intermediær\n"),
(23, does_not_raise(), "23 mut/Mb; høy\n"),
(2.5, does_not_raise(), "2.5 mut/Mb; Lav\n"),
(7, does_not_raise(), "7 mut/Mb; Intermediær\n"),
(23, does_not_raise(), "23 mut/Mb; Høy\n"),
]
)
def test_get_tmb_string(input, exception, want):
Expand Down