Script ImageJ for Batch Combining Fluorescence Imaging
Скрипт программы ImageJ v1.46a (http://rsb.info.nih.gov/ij/) для пакетной обработки изображений хромосом, полученных с использованием флуоресцентного микроскопа.
Назначение: Для работы скрипта нужны изображение фазового контраста и флуоресцентный снимок хромосомы. Итогом работы скрипта становится совмещенное изображение, состоящее из трёх снимков:
- фазовый контраст
- флуоресцентный снимок
- совмещение фазового контраста и флуоресцентного снимка.
Использование: Поскольку скрипт создавался под конкретную задачу, необходимо провести подготовительную работу по обработке файлов полученных с флуоресцентного микроскопа.
-
Нужно повысить контрастность (если необходимо) всех снимков в графическом редакторе. Это выполняется вручную, поскольку снимки могут нуждаться в разных параметрах контрастности
-
Флуоресцентные снимки переименовываются по следующему шаблону - fluor№№.jpg. Снимки фазового контраста переименовываются по следующему шаблону - bw№№.jpg. При этом "№№" это порядковый номер снимка. Изображения принадлежащие одной хромосоме должны иметь одинаковые порядковые номера.
-
Обработанные флуоресцентные снимки и снимки фазового контраста необходимо поместить в одну папку - SourceDir. В любую другую пустую папку будут помещаться итоговые изображения - DestinationDir.
Для работы скрипта необходимо установить программу ImageJ v1.46 (http://imagej.nih.gov/ij/download/win32/ij146-jdk6-setup.exe) и запустить скрипт через меню "Plugins -> Macros -> Run...".
После запуска скрипта в предлагаемом меню нужно выбрать папку SourceDir. Затем выбрать пустую папку DestinationDir.
В результате откроются снимки фазового контраста и флуоресцентный снимок одной хромосомы, а также будет выполнено совмещение снимка "фазы" и "флуоресценции".
Далее на совмещенном снимке необходимо провести линию максимально параллельную изучаемому району хромосомы.
На следующем шаге изображение будет развернуто таким образом, что изучаемый район будет расположен горизонтально. Этот горизонтально расположенный район будет предложено выделить при помощи инструмента "Прямоугольного выделения".
Затем скрипт автоматически обработает изображения и совместит их, итоговый результат будет помещен в папку DestinationDir.
После этого будет открыта серия изображений со следующим порядковым номером и цикл повторяется до тех пор пока не закончатся снимки в папке SourceDir.
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований по гранту №12-04-31295-мол_а.